综合生物信息学和机器学习分析强直性脊柱炎导致低骨密度的免疫机制

强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)是一种常见的炎症性风湿病,主要影响中轴骨骼,引起特征性炎症性背痛,导致结构和功能障碍以及生活质量下降。AS患者发生脊Gel Imaging Systems柱骨折的风险高于一般人群,这是其在骨代谢中的矛盾特性导致的。一方面AS的附着点炎会导致新骨形成增加,使脊柱发生强直。另一方面AS患者椎体中心骨小梁缺失,使椎体局部骨密度降低和发生骨质疏松。相反的骨代谢趋势共同导致了脊柱抵抗冲击和压力的能力下降,使AS患者脊髓和神经根的损伤概率增加,死亡率升高。作为椎体骨折的重要风险因素及AS的常见并发症,低骨密度(lowbonemineral density,LBMD)因其矛盾性引起了大量Belumosudil试剂学者的注意,近年来关于其机制的研究多聚焦于免疫和炎症。遗憾的是,AS导致LBMD的免疫机制尚未完全清楚。因此,探究免疫相关基因在AS导致LBMD中的作用,有助于精准的判断患者的骨折风险,并指导药物开发及临床管理。目的:本研究旨在综合利用生物信息学方法探究免疫基因在AS导致LBMD中的具体机制,以及和免疫细胞的具体关系,同时利用机器学习的方法建立预测模型,对AS患者出现LBMD的风险进行评估,指导临床治疗。方法:AS和LBMD数据集是从GEO数据库下载的,并进行差异表达基因分析,获得差异基因(differential expressed gene,DEGs)。免疫相关基因(Immune-related genes,IRG)是从ImmPort数据库中获得。取DEGs和IRGs交集得到了 I-DEGs。Pearson系数被用来计算AS和LBMD数据集中的DEGs和IRGs相关性,并以此构建基因共表达网络。利用Louvain社群发现算法对基因共表达网络进行聚类,得到基因模块。将与免疫模块关系最密切的模块定义为关键模块。利用Metascape数据库对关键模块进行富集分析。此外,在AS和LBMD中具有相同表达差异趋势的I-DEGs被认为是关键I-DEGs。采用多种机器学习方法构建基于关键I-DEGs的诊断模型。IID数据库用探究关键I-DEGs的Etoposide上下文,尤其是在骨骼系统中。并构建了基于关键I-DEGs的基因-生物过程和基因-通路网络。此外,使用CIBERSORT算法对AS数据集进行了免疫浸润分析。结果:1.共鉴定出 19 个 I-DEGs,其中 IFNAR1、PIK3CG、PTGER2、TNF 和 CCL3被认为是关键I-DEGs。这些关键I-DEGs与关键模块的关键基因有很好的相关性。2.多种机器学习表明,作为特征的关键I-DEGs对AS和LBMD都有很好的诊断性能,其中支持向量机模型的AUC值最高。3.关键I-DEGs可以通过桥基因紧密相连,特别是在骨骼系统中。4.通路分析表明,PIK3CG、IFNAR1、CCL3和TNF可以通过MAPK信号通路等途径参与中性粒细胞外陷阱的形成。5.免疫浸润分析显示,中性粒细胞在病例组和对照组之间差异最显著,并与关键I-DEGs有着很好的相关性。结论:TNF、CCL3、PIK3CG、PTGER2 和 IFNAR1 等关键 I-DEGs 可作为预测AS患者出现LBMD风险的生物标志物。它们可能通过影响中性粒细胞的浸润和中性粒细胞外陷阱的形成,从而影响AS的骨改建过程。