为研究淮南猪肌肉组织不同发育阶段的甲基化水平差异，筛选调控肌肉发育的甲基化差异基因，选取胚胎期第38天、58天、78天和出生后第21天的淮南公猪背最长肌，开展全基因组甲基化测序并通过信号通路富集分析筛选候选基因。结果显示，基因主体的CpG甲基化程度高于基因上下游2K的甲基化，基因组元件中内含子、3’UTR和重复序列等甲基化程度最高。随着发育时间的增加，基因主体的Cp获悉更多G甲基化水平逐渐下降，上下游2K则是下降-上升-下降趋势。基因组元件中内含子区、3’UTR区和重复序列的甲基化水平都逐渐下降，启动子区则为下降-上升-DNA Damage/DNA Repair抑制剂下降趋势。信号通路富集分析显示，在淮南猪相邻的发育阶段，黏着斑信号通路存在CpG甲基化差异基因，且达到极显著水平（P=0.0009、P=0.0004、P=0.0001），细胞粘附连接信号通路存在CHH甲基化差异基因，且达到极显著水平（P=0.0132、P=0.0128、P=0.0005），并通过生物信息学分析在两个信号通路中筛选了ACTN4、FGFR1作为肌肉发育候选基因。综上，淮南猪肌肉组织不同发育阶段发现了2个甲基化差异基因，分别与肌动蛋白结合和肌肉细胞分化相关，Chinese herb medicines其甲基化变化有助于理解胚胎期肌肉发育的分子机制。。