应用分子对接技术预测氟伐他汀对胰腺癌细胞作用的关键靶点

目的 应用生物信息Nervous and immune system communication学综合考察氟伐他汀对胰腺癌MiaPaCa-2和PANC-1细胞基因表达谱的影响,并采用分子对接预测关键蛋白靶点。方法 从基因芯片公共数据库中下载氟伐他汀处理胰腺癌MiaPaCa-2和PANC-1细胞的基因表达谱芯片数据,以P<0.05和|logFC|>1为标准,筛选差异表达基因互作关系。采用VennDiagram R包取交集,得到共同差异表达基因;应用clusterProfiler R包,进行GO和KEGG通路富集分析;Cytoscape软件将差异表达基因互作关系可视化并找出潜在的关键基因,采用分子对接软件Bucladesine NMRAutodock Tools-1.5.6将预测得到的关键蛋白靶点与氟伐他汀进行分子对接分析,进一步研究氟伐他汀与靶蛋白的相互作用。结果 20μM氟伐他汀处理48 h后,胰腺癌细胞Mselleck HPLCiaPaCa-2和PANC-1共同差异表达基因共27个,主要涉及DNA复制、DNA错配修复与重组、染色体凝缩以及胞质分裂等作用。KEGG通路富集分析结果显示,共同差异表达基因主要与嘧啶代谢、p53信号通路和细胞周期等相关。分子对接结果显示,氟伐他汀与EXO1、MCM10、CDC45和KIF14这4个蛋白靶点之间具有较低的结合自由能,结合稳定。结论 氟伐他汀能够影响胰腺癌细胞MiaPaCa-2和PANC-1细胞基因表达谱。EXO1、MCM10、CDC45和KIF14可能是氟伐他汀治疗胰腺癌潜在的作用靶点。