基于芯片数据对肝内胆管癌circRNA差异表达谱及预后标志物的生物信息学分析

目的:肝内胆管癌是一种常见的原发性肝癌,发病率仅次于肝细胞癌,其发病机制尚不明确获悉更多且预后极差。circRNA为一种闭环非编码RNA,具有重要的基因调控功能,本研究旨在通过生物信息学方法分析肝内胆管癌差异表达的circRNA,筛选其预后标志物。方法:通过GEO数据库获得肝内胆管癌相关circRNA数据集GSE181523及miRNA数据集GSE53870,运用GEO2R工具筛选差异表达circRNA。分别选取差异显著的上调及下调circRNA各5个,利用circBank数据库预测与其相结合的mi RNA,并与miRNA数据集取交集获得可能与肝内胆管癌进展相关的miRNA。precise medicine选取差异显著的miRNA使用TargetScan,miRDB及miRWalk数据库预测靶基因,通过DAVID数据库对靶基因进行GO注释和KEGG富集分析。通过STRING构建蛋白互作网络(PPI),用Cytoscape构建circRNA-miRNA-核心基因调控网络,筛选核心靶基因。在GEPIA数据库中验证核心靶基因在肝内胆管癌的表达水平及对患者预后的影响。结果:共筛选出374个差异表达circRNA,上调246个,下调128个。通过位点预测网站与数据集取交集后得到20个与circRNA结合的miRNA。三个数据库预测得到靶基因791个。GO富集分析结果显示,靶基因主要参与蛋白质磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ启动子对转录的正调控。KEGG富集分析结果显示,靶基因主要富集在蛋白多糖与癌症、FOXO信号通路。GEPIA2分析发现UBE2W在肝内胆管癌中呈低表达,与较差预后相关(p<0.05)。根据生存分析结果获得与患者预后相关的三条调控网络hsa_circ_0025332-has_miR_27a_3p-UBE2W,hsa_cGW-572016化学结构irc_0025332-has_miR_27b_3p-UBE2W,hsa_circ_0091419-has_miR_145_5p-UBE2W)。结论:本研究通过生物信息学方法分析鉴定了肝内胆管癌差异circRNA及预后标志物,为肝内胆管癌的诊断提供新的生物标志物及潜在药物治疗靶点。