基于生物信息学分析CLDN7及其免疫相关细胞在乳腺癌中的表达及临床预后模型建立

目的:应用生信分析CLDN7及其相关免疫基因在乳腺癌(BRCA)中的表达,并构建CLDN7相关PLX4032 NMR免疫基因来预测BRCA预后状态的列线图。方法:从TCGA数据库中获得BRCA数据集,运用CIBERSORT算法对转录组样本测序数据进行分析。运用Timer2.0在线分析BRCA转录组中CLDN7与免疫基因相关性。CCLE下载51种BRCA细胞株的RNA-seq数据,进行CLDN7相关免疫基因KEGG和GO富集分析。将CLDN7相关免疫基因进行风险评估,差异表达基因纳入风险预后模型,构建列线图。最后,IF和IHC验证CLDN7在BRCA细胞株和组织中的真实表达。结果:CIBERSORT分析显示,与癌旁样本相比,BRCA中B细胞、T细胞、M0巨噬细胞、M1巨噬细胞、树突状静息细胞的比例显著增加。Time2.0分析结果显示,CLDN7 m RNA表达与B细胞,CD4+T细胞,CD8+T细胞呈负Symbiotic relationship相关,与M0巨噬细胞呈正相关。GSEA分析CLDN7主要参与了B细胞信号通路通路和细胞缝隙连接通路。CLDN7信号通路分析鉴定出15相关的免疫刺激基因,37个相关的免疫抑制基因,主要参与NF-kappa B信号通路和T细胞受体信号通路。将52个相关基因采用单因素Cox回归分析与OS之间的相关性,得到19个与预后相关基因。将预后相关基因纳入模型构建C-index=0.76BRCA的预后列线图,来预测个体的3年和5年生存概率。最后,IF验证CLDN7在BRCA细胞存在较高表达,IHC验证CLDN7在BRCA组织中蛋白水平较高。结论:研究结果为CLDN7在BRCA肿瘤免疫中的作用提供了证据,提示CLDN7可能是BRCA的潜在免Compound C IC50疫治疗靶点,其相关免疫标记是BRCA中一个很有前途的预后生物标志物。